Naruto ist kein Anime der irgendeinen seiner kulturellen Bezüge besonders ernst nimmt.
Die "Chakren" die es in Naruto gibt sind inhaltlich eher mit dem japanischen Ki identisch, nur dass der Autor ihm eben keinen so ausgelutschten Namen geben wollte. Innerhalb dieses System gibt es bei Naruto dann aber seltsamerweise eine Sondertechnik, die "8 inneren Tore", die sich ziemlich deutlich mit dem tantrischen Chakrakonzept überschneidet.
Dann gibt es wieder 5 Chakraelemente, die einerseits an der 5-Elemente-Lehre der japanischen Mystik orientiert sind, andererseits aber andere Elemente beinhalten, die sich eher mit dem 4-Elemente-System der Griechen überschneiden was obendrein in einem Schere-Stein-Papier-System resultiert, das quasi an Pokemon erinnert.
Kurzum, es ist Unterhaltung, mehr nicht, interpretier da nich zu viel rein ^^